La commune ecclésiastique de Saignelégier fait partie de l'Unité pastorale des Franches-Montagnes.

La commune ecclésiastique est une structure de droit public ecclésiastique reconnue par le canton du Jura est placée sous l’autorité de la Collectivité Ecclésiastique cantonale (CEC). Elle perçoit l’impôt ecclésiastique des personnes physiques, gère les bâtiments et les finances.

L'Assemblée de la commune ecclésiastique est l'autorité suprême, elle élit les membres du Conseil de la commune ecclésiastique qui exerce le pouvoir exécutif.

Le système dual fait collaborer, dans les cantons suisses, les communes ecclésiastiques avec les structures pastorales (paroisses canoniques, unités pastorales, espaces pastoraux).