La commune ecclésiastique de Granfontaine - Roche d'Or fait partie de l'Espace pastoral Ajoie - Clos du Doubs.

Dans l'église de Grandfontaine (comme dans celle de Damvant), depuis la Réforme, les femmes prennent place sur les bancs de droite qui sont partout ailleurs réservés aux hommes. Deux théories s'affrontent quant à cette habitude. D'aucuns prétendent que cet honneur fait aux femmes de la commune est dû à leur conduite courageuse lors d'un incendie qui ravagea la commune. D'autres affirment que les femmes auraient chassé les prédicants de Montbéliard qui tentaient de s'introduire dans la paroisse. Les premières mentions de l'édifice religieux datent de 1136. Un tableau et un vitrail de l'église, font foi que les habitants de Grandfontaine attribuèrent à Sainte Agathe le bienfait d'avoir arrêté le feu lors des incendies de 1756 et 1780.

La paroisse est placée sous le patronat de Saint Etienne, fêté le 26 Décembre

La chapelle de Roche d'or bénéficie d'une position géographique extraordinaire, en effet, la vue y est splendide! l'édifice actuel fût construit en 1927. L'architecture y est simple et bien équilibrée. Depuis quelques années, chaque nuit de Pâques, un groupe de marcheurs partent de nuit, amener le Feu nouveau à la chapelle. Après avoir admiré le lever de soleil, ils partagent un temps de prière puis un moment de convivialité.