La paroisse de Fahy fait partie de l'Unité pastorale de la Haute-Ajoie

La paroisse de Fahy possède une église classée monument historique. Cette dernière a été construite en 1788 par l’architecte connu Pierre-François Paris, à qui l’on doit également l’Hôtel- Dieu, l’Hôtel de ville et l’Hôtel des Halles à Porrentruy. Seule la tour, robuste et carrée subsiste de l'édifice initial, beaucoup plus ancien. On peut y admirer une chaire et des autels sculptés entre 1730 et 1750 par les frères Breton de Boncourt.

La paroisse est placée sous le patronat de Saint Pierre et Paul, fêtés le 29 Juin