La commune ecclésiastique de Fahy fait partie de l'Espace pastoral Ajoie - Clos du Doubs.

La paroisse de Fahy possède une église classée monument historique. Cette dernière a été construite en 1788 par l’architecte connu Pierre-François Paris, à qui l’on doit également l’Hôtel- Dieu, l’Hôtel de ville et l’Hôtel des Halles à Porrentruy. Seule la tour, robuste et carrée subsiste de l'édifice initial, beaucoup plus ancien. On peut y admirer une chaire et des autels sculptés entre 1730 et 1750 par les frères Breton de Boncourt.

L'église de Fahy est dédiée à Saint Pierre et Paul, fêtés le 29 Juin